Skolae programaren ikaskuntza-helburuak lortzeko, eskolak proposamen planifikatu eta esplizituak egiten ditu ikastetxearen testuingurua kontuan hartuz. Helburu horrekin, Hezkidetzaren Nortasun Plana egin du, ikastetxeko gizarte- eta hezkuntza-errealitateari lotuta.

Skolae programaren helburu nagusia genero-desberdintasunaren aurrean kontzientzia kritikoa sortzea da, errespetuan eta ekitatean oinarritutako harremanak sustatuz. Hainbat jarduera eta metodologiaren bidez, Skolaek ikasleak eskola-ingurune inklusibo, seguru eta errespetuzkoa eraikitzearen garrantziaz sentsibilizatzea du helburu, ikasle bakoitza erabat garatu ahal izateko, autonomia pertsonalarekin eta genero-estereotipoek ezarritako mugarik gabe.

Eskolak zeharka ezartzen du Skolae arlo guztietan. Irakasleek prestakuntza espezifikoa jaso dute beren ikasgeletan hezkidetzaren printzipioak integratzeko. Printzipio horien helburu nagusietako bat haurrak ahalduntzea da, euren komunitateetan aldaketa-eragile bihur daitezen, bai eskola barruan, baita eskolatik kanpo ere. Talde-dinamiken eta lankidetza-proiektuen bidez, desberdintasuna betikotzen duten jarrerak eta portaerak identifikatzen eta zalantzan jartzen ikasten dute ikasleek. Gainera, hezkuntza afektibo eta sexual positiboa lantzen da, aniztasunarekiko, bizikidetzarekiko eta gatazken konponketarekiko osasungarria eta errespetuzkoa lantzen da, baita emakumeen eta nesken aurkako indarkeria guztien prebentzioa ere.

Programak familiak eta hezkuntza-komunitate osoa ere hartzen ditu barne. Topaketak eta jarduerak antolatzen dira gurasoek eta irakasle ez diren langileek Skolae-ren printzipioak ezagutzeko. Garrantzitsua da gogoratzea programa honek emakumeei mesede egiteaz gain, gizarte osoaren garapen integralari ere laguntzen diola, kide guztien talentua eta gaitasunak erabat probesten baititu.